池塘由于水产养殖动物的排泄物、遗体、残饵和施肥的不断积累，以及地表冲积物等不断沉积，沉积有机物经微生物发酵分解，形成大量腐植质，与池底表面浸润土壤混合在一起，在池底形成一定厚度的淤泥。淤泥过多有三大危害：
一、导致池水缺氧危害养殖动物
淤泥中含有大量的有机物，有机物经细菌作用，氧化分解，消耗大量氧，往往使池塘下层水中本来不多的氧消耗殆尽，造成缺氧状态。养殖鱼类在溶氧3毫克/升以下时，就会抑制鱼的生长，溶氧低于1.5毫克/升时，就会造成养殖鱼类的泛塘死亡。
二、导致池水有毒物质增多危害动物
塘底淤泥和鱼类的排泄物经硝化作用产生氨，氨在硝化过程中生成中间产物—亚硝酸盐；淤泥中的硫酸盐还原菌还原硫酸盐，以及由异氧菌分解硫化物产生硫化氢。氨、亚硝酸盐、硫化氢是鱼类生存、生长过程中的剧毒物质。浓度小时，能使鱼类处于不安定状态，食欲下降，饵料系数增加，抵抗力减弱；浓度大时，会使鱼中毒死亡。
三、导致池水有害菌增多危害养殖动物
当底质恶化，有害菌就会大量繁殖，水中有害菌达到一定数量时，养殖鱼类可能发病，严重时会大量发病死亡。
大量的生产实践证明，池塘淤泥增多，底质恶化，是有毒物质和有害细菌增加的罪魁祸首，是造成整个养殖水体水质污染的重要原因。近些年来，鱼类暴发性出血病的主要原因就是多年未清淤消毒的鱼池，淤泥中含有大量的致病菌引起的。
改良底质环境，消除底泥危害的方法主要有：
1.清除过多的池塘淤泥
精养塘至少3年清一次淤泥。为了保持鱼塘的肥度和水质的相对稳定，可保留15厘米～20厘米深的淤泥。
2.让池底暴晒和冰冻
在冬春清淤的池塘，可利用空闲的时间，让池底接受充分的风吹、日晒和冷冻，塘底淤泥变得比较干燥、疏松，同时又可以杀死病原体和寄生虫（卵），改善池塘生态环境，提高池塘肥力，为翌年改善溶氧状况和改良水质创造条件。
3.施放生石灰
池塘施放生石灰，除了能杀死鱼类的寄生虫、病菌和害虫等以及使池水保持微碱性的环境和提高池水的硬度、增加缓冲能力外，还能增加水中钙离子，并使淤泥中被胶体所吸附的营养物质替换释放，以增加水的肥度。
4.翻动塘泥
在晴天中午，翻动塘泥，以减少耗氧因子，或用铁链等来回拖拉搅动塘泥以促进淤泥中的有机物氧化分解，降低夜间下层水的实际耗氧量，防止养殖动物浮头。
5.施用微生态制剂
在养殖的关键季节，根据池塘的具体情况，有针对性地使用光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、EM菌液等，改善底质和水质，减少有毒物质和毒害作用，增加溶氧，促进养殖动物的生长。
